Józef Czapski urodzony jeszcze w XIX wieku, 3 kwietnia 1896 r. w Pradze, gdy umierał – o godz. 11.30, 12 stycznia 1993 r. – miał 97 lat. Przyjaciele żegnali go w skupieniu i wielkim smutku. Choć z myślą o dniu rozstania oswajali się już od pewnego czasu, jednak śmierć zabrała nie tylko Józia (tak go wszyscy bliscy nazywali), ale także swoisty klimat, który panował zwykle w pokoiku „na górze”. Od tego czasu pokój ten stał się pusty. Na mocy testamentu Józefa Czapskiego spadkobierczynią jego majątku (kajetów – dzienników, korespondencji, obrazów, rzeczy zgromadzonych w pokoju) została Elżbieta Łubieńska, jego siostrzenica. Na mocy darowizny z 19. kwietnia 1993 r. dzienniki autora „Na nieludzkiej ziemi”, inne rękopisy, szkice, korespondencję, księgozbiór, meble i obrazy wraz z archiwum Marii Czapskiej zostały przekazane przez nią do Muzeum Narodowego w Krakowie.
Od kwietnia 2016 r. spuścizna zostanie przeniesiona do Pawilonu Józefa Czapskiego przy ul. Piłsudskiego 12 w Krakowie. Obecnie trwają prace i w tym budynku zostanie także odtworzony pokój malarza z Maisons – Laffitte w skali 1:1. Są już zamontowane 2 okna z siedziby „Kultury”, które dla Muzeum Narodowego podarował Leszek Czarnecki. Ocalił je, gdy przy 91. avenue de Poissy wymieniano okna na nowe, bo te stare były nieszczelne i …były przeciągi.
Stanisław Rodziński, profesor Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie ostatni raz odwiedził Józefa Czapskiego 12. października 1992 roku. Dwa dni wcześniej wręczył mu dyplom Profesora Honorowego krakowskiej ASP.
Stanisław Rodziński tak wspominał autora „Oka” w czasie sesji naukowej w Kurozwękach (19. września 2015 r.):
Pożegnanie było smutne. On sam i ja zdawaliśmy sobie sprawę z tego, że to spotkanie ostatnie. Kiedy już wychodziłem z pokoju malarza, spojrzałem na niego raz jeszcze. On wiedząc, że wychodzę, poruszył się w fotelu, jakby szukając wygodniejszego miejsca. Potem nagłym ruchem okrył się szaro-brązowym kocem. Ten koc podciągnął gwałtownie i, sobie tylko znanym gestem, zakrył się cały, wraz z głową. Patrzyłem na to zakończenie naszej rozmowy. Na gest, który był dla niego powrotem do jego spraw, do jego myśli, wspomnień, a może tylko do bezbolesnej wegetacji. „Nie cierpię, ale to już dość.” – powiedział mi przecież w jednej z rozmów w tych właśnie ostatnich dniach. Powiedział to spokojnie, ale i stanowczo. (…) Trzeba wiedzieć, że do roku 1974, w którym ukazała się monografia Czapskiego w Szwajcarii i we Francji [Murielle Werner-Gagnebin, Czapski, la main et l’espace (L’Age d’Homme, Lozanna 1974)], był on po prostu człowiekiem biednym. Kiedy właśnie w tym roku po raz pierwszy byłem u Józia, zobaczyłem na wieszakach w niedużym pokoiku ubrania i płaszcze Marii i Józefa Czapskich. Po prostu nie mieli szafy. Czapski kierował się ku Bogu, który jak wierzył, przygotował mu w Niebie mieszkanie, a może i pracownię.
15. stycznia 1993 r. o godz. o 15.30 ceremonia pogrzebowa rozpoczęła się mszą świętą pod przewodnictwem ks. Zenona Modzelewskiego w kościele św. Wincenta w Le Mesnil-le-Roi. Potem kondukt przeszedł na cmentarz. Malarz został pochowany obok swojej siostry Marii Czapskiej, która zmarła w roku 1981. Po latach wykonano grobowiec Marii i Józefa. Surowa płyta z krzyżem. Bez znaku Instytutu Literackiego, którego założycielem był Józef Czapski. Dlaczego? Magdalena Grochowska w biografii Jerzego Giedroycia napisała, że nie chcieli… Niestety nie podała źródła tej informacji…[Magdalena Grochowska, Jerzy Giedroyc. Do Polski ze snu 2009]. Została wykonana maska pośmiertna malarza: jeden odlew dla Instytutu Literackiego, drugi dla Biblioteki Polskiej w Paryżu.
Stanisław M. Przybyszewski pisze w swojej książce: „Opowiadały mi kuzynki Czapskiego, córki Ludwika Łubieńskiego, siostry Łubieńskie – Rula, Qaba i Anna, które uczestniczyły w uroczystościach pogrzebowych o ostatnim, pośmiertnym żarcie zmarłego: – Wuj Józio miał niespotykane poczucie humoru, kpił ze wszystkich i ze wszystkiego, pozwalał też na kpiny z siebie. Miał ponad dwa metry wzrostu, był chudy jak szczapa i to także dawało powody do uśmieszków na jego temat. Otóż grabarze wykopali na cmentarzu standardowy grób, a gdy przyszło do spuszczania trumny do dołu grobowego, okazało się, że trumna jest za długa i nie zmieści się. W tej sytuacji trumnę postawiono koło grobu, a grabarze przez dobrych kilka minut powiększali dół i dopiero wtedy uroczyście zakończono pogrzeb wuja. Zabrani żałobnicy szeptem przekazywali sobie informację: – to ostatni żart Józia…” (źródło: Stanisław M. Przybyszewski, Józef Czapski i jego związki z Kazimierzą Wielką i Morskiem koło Koszyc, Wydawnictwo Nowa Nidzica 2009).
Pytam Macieja Morawskiego (syna Kajetana Dzierżykraj – Morawskiego ambasadora rządu Rzeczpospolitej Polskiej na uchodźstwie w Paryżu, oficjalnie uznawanego przez Francję do początku lipca 1945), który przyjaźnił się z Józefem Czapskim, czy był na pogrzebie i czy pamięta opisaną sytuację?
Maciej Morawski: Tak, byłem. Niewiele już pamiętam z tej uroczystości. Pamiętam jedynie, że rzeczywiście grób okazał się za mały i musiano go w czasie uroczystości pogrzebowej przedłużać.
W Krakowie 12.01.2016 r. w 23 rocznicę śmierci w kościele oo. Dominikanów odprawiono mszę świętą za duszę Józefa Czapskiego oraz jego siostry Marii (zmarła w 1981 r.) , jak też zmarłych członków z rodziny Czapskich; rodziny, która wniosła wybitny wkład w wkład w kulturę i historię Polski od XV do XX w.
Autor reprodukowanego rysunku, Michał Milberger, miał pracownię na ulicy Boromée 12, w piętnastej dzielnicy Paryża. Szkic miał służyć do stworzenia popiersia Czapskiego. Rzeźbiarz nie wykonał go. Zmarł w 1997 r. Zdążył wykonać popiersie Czesława Miłosza.

Czesław Miłosz. Po prawej jego stronie popiersie poety wykonane przez Michała Milbergera, fot. Marek Wittbrot
Maciej Niemiec napisał wiersz Do Michała Milbergera (1920-1997)